益生菌是良藥，不只保護消化道，還支援肝臟、腎臟、腸胃的解毒、清毒、排毒，有益微生物，會製造人體不可或缺的維他命、礦物質、脂肪酸等養分，以及能幫忙消化系統，分解食物的酵素。這種種微生物會影響能察覺養分、測量酸類的重要神經細胞，還會觸發腸道一波波蠕動，讓消化過的食物由小腸進入大腸，而廢棄物最終便經由大腸排出人體，然而益生菌，如果未獲得適切滋養或補足，終究會消逝，使免疫系統易受侵襲。

在很多方面，益生菌補充品，可取代醫藥，或協助保衛身體內的生態系統，以免在用藥下承受池魚之殃。服用益生菌效果，以下範疇效果格外顯明：

回復消化道健康 : 經研究分析，一探益生菌有何效力減輕腹瀉，研究發現，益生菌使染患抗生素，相關腹瀉的風險下降四二％，研究人員注意到益生菌，能縮短腹瀉對孩童的侵襲，也能降低成人的腹瀉發病率。
提升維他命B和維他命B12的吸收濃度 : 益生菌可改善養分吸收，提升維他命B(尤其是維他命B12)的濃度。《腸胃外科期刊》史丹佛大學醫學院的研究表明，在短短三個月過後，服用益生菌補充品的患者，維他命B12的濃度比對照組高出50％。
減少呼吸道感染 : 在流感季高峰，麻州弗雷明翰州立大學，將兩百名寄住於宿舍的學生分成兩組，以一組服用沒有療效的定心丸，和一組服用，含有益生菌粉末，來做對照，實驗人員發覺，不同組別的受測者，染上感冒或流感的比例，大致相同，服用益生菌補充品的學生有下列情況:
感冒的持續時間減少兩天(四天對六天)
34％的人症狀較輕微
較少人缺課(比另一組少了一半)
提振情緒，抗焦慮、憂鬱 : 細菌可改變迷走神經的神經信號，操控人的情感和渴求，神經內含一億個神經細胞，由腸道延伸至腦部，荷蘭萊登大學的大腦及認知科學研究院研究表示，益生菌，可提振情緒，是對抗焦慮及憂鬱的良方，研究人員表示，益生菌可用於治療或避免憂鬱。
幫助減重 : 益生菌有助於，使腸壁較不通透，而這也表示進入血液的分子較少，較不至於引起發炎及後續的肥胖及第二型糖尿病。魁北克拉瓦爾大學，刊載於《英國營養學期刊》，報告顯示，在相同飲食下，服用益生菌補充品的女性，平均減輕四．三公斤，服用定心丸的女性減輕二．五公斤，該研究證實，肥胖人士與苗條人士的腸道菌群有別，這是因為高脂肪、低纖維素的飲食會使細菌彼此消彼長。
增進認知機能 : 加州大學洛杉磯校區，研究發現，透過磁振造影掃描來看，固定攝取優格中益菌的女性，前額葉皮質內的神經連結更緊密，而此大腦執行功能區塊有助於人類的籌劃、組織、情緒控管、自我管制。
維持女性陰部的健康 : 益菌與壞菌於女性陰部，形成一微妙平衡的生態系統，此中微生物不下五十種，以健康的女性來說，最常見的一種是益生菌「乳酸桿菌屬」；如均衡遭破壞，則發生酵母菌感染，或細菌性陰道炎，使女性身體不適。《傳染病跨領域觀點》期刊(Interdisciplinary Perspectives on Infectious Diseases)一篇研究指出，乳酸桿菌屬菌株，可打斷細菌性陰道炎及酵母菌的進展，並抑制病原菌於泌尿生殖系統增長。
修補腸漏症 : 依據《國際運動營養學會期刊》(Journal of the International Society of Sports Nutrition)，一份以男性運動員為題的研究，服食益生菌補充品的男性，不只能顯著改善腸漏，還能降低蛋白質氧化，縮短恢復的時間。腸道菌少易憂鬱？迅速吃對養好菌，最新研究發現，憂鬱症的人，腸道菌數目也較少。你的情緒不只由大腦決定，肚裡的微生物也指揮你的喜怒哀樂！心情壞、焦慮、壓力大就肚子痛、腹瀉，頻頻跑廁所......，腸和腦關係緊密，新近研究更發現，罹患憂鬱症的人，比菲德氏菌數目也較健康的人來得少。由日本國立精神神經醫療中心（NCAP）與養樂多公司組成的聯合研究小組，找來43名憂鬱症患者，與57名健康人士，採集他們的糞便，以檢驗其中的腸道菌數。發現在憂鬱症患者的腸道中，約有32億個比菲德氏菌、79萬個嗜酸乳桿菌，相對地，健康的人的腸道中，約有100億個比菲德氏菌、398萬個嗜酸乳桿菌。研究更直指，當比菲德氏菌數目少於34億個，嗜酸乳桿菌低於309萬個，罹患憂鬱症的風險就會升高，分別是3倍，及2.5倍之多。該研究發表在荷蘭知名科學雜誌《情緒失調期刊（Journal of Affective Disorders）》的網路版上。另外，研究也觀察到，受試者中，健康人士約12％患有腸躁症，但憂鬱症患者的比例則較高，約33％；而腸道中好菌菌量較少的人，罹患腸躁症的風險也較高。